桂林市已建立12个自然保护区,总面积42.7万公顷,占全市国土面积的15.36%,其中国家级自然保护区3处(猫儿山、花坪和千家洞),自治区级自然保护区9处。自然保护区集中在龙胜、兴安、资源、灵川、恭城、临桂、灌阳、阳朔、全州、永福、荔浦11个县。自然保护区类型主要以森林生态系统类型为主,其面积占自然保护区总面积的98.86%,野生动物类型占1.13%,地质遗迹类型面积25.04公顷,总体形成了布局合理、类型较为齐全、功能相对完备的自然保护区网络。桂林森林资源丰富,树种资源种类繁多,全市共有维管束植物249科,1103属,区域内已知高等植物有2000多种。树种资源有用材林、经济林、竹类、防护林(含水源林)、绿化树种和石山树种等,其中银杉、桫椤为国家一级保护植物。林副产品资源有松脂、烤胶原料、干果、香菇、木耳、棕皮、罗汉果等。野生动物繁多,陆生脊椎野生动物450多种,约有鸟类266种,属国家一级保护的动物有黄腹角雉、金雕、白颈长尾雉、云豹、林麝、蟒蛇等,二级保护动物40种。
2008-2016年,桂林市生态建设成绩斐然,共创建国家级生态乡镇16个,自治区级生态乡镇88个,自治区级生态村168个,市级生态村1364个,全市11个县全部完成“80%的行政村创建生态村”的目标任务。桂林市生态村和生态乡镇创建工作继续在自治区保持领先。