桂林市主要航运江河有漓江、桂江、湘江、洛清江、资江、浔江、百寿河等7条,航道里程共687公里,其中通航里程576公里。漓江、桂江是桂林市重要的通航河流,辖区通航192公里,7级航道经梧洲流入珠江通外海。
截至2016年底,全市共有港口码头201个,其中:旅游码头14个,货运码头3个,便民码头184个;营运船舶486艘,其中:客船380艘(旅游船舶315艘),货船105艘。